JIS funciona amb una junta directiva tal i com es regeixen les associacions sense ànim de lucre a Catalunya, i que en realitat funciona internament com una cooperativa: igual salari proporcionalment al tipus de jornada horària i presa de decisions sotmesa a l’acord dels seus soci/es.

Joves per la Igualtat i la Solidaritat treballa a partir d’una estructura horitzontal coordinada. Cada projecte té una o més persones referents per tal de guiar autònomament l’execució d’aquests. Es treballa en paral·lel als objectius generals de JIS i s’avalua contínuament la tasca per tal d’optimitzar-ne els resultats. L’equip està coordinat i organitzat per a un funcionament més àgil de l’equip i de la seva activitat.

Amb una periodicitat mínima setmanal l’equip es troba per teixir la xarxa que l’Associació va entrellaçant al llarg de l’any, on cada fil té una raó de ser i una funció.
Tanmateix, es valora com a necessari la formació i reciclatge de cada una de les persones treballadores en la seva o d’altres àrees per tal de contribuir a la millora del funcionament intern i en conseqüència a l’extern.